Os pesquisadores são responsáveis últimos pelo planejamento e execução de suas pesquisas. Como parte do planejamento, os pesquisadores devem elaborar o projeto, solicitar e obter a sua aprovação pelo Comitê de Ética apropriado, bem como outras permissões necessárias para a execução da pesquisa. Obtidas as aprovações pertinentes aos comitês, de acordo com a natureza do projeto, os pesquisadores devem encaminhar o projeto completo à Comissão de Pesquisa. Essa dará ciência ao CIC-FMRP, se houver demanda quanto à infringência da integridade e boas práticas em pesquisa.

Ao elaborar um projeto de pesquisa, o pesquisador deve:

1. Definir objetivos que ofereçam contribuição relevante para o avanço da ciência, o que requer que o domínio sobre o tema seja o mais completo possível e exige análise extensa e criteriosa da bibliografia.
2. Assegurar a capacidade científica para bem realizar o projeto e de tempo e disposição para adquirir essa capacitação. 
3. Assegurar que recursos materiais e técnicos, bem como apoio de recursos humanos e institucionais necessários, estarão disponíveis para a completa concretização. 
4. Avaliar e reavaliar, periodicamente, a necessidade de capacitação de pesquisadores e pessoal técnico para realização dos procedimentos.
5. Criar banco de dados para registro de toda informação relacionada ao projeto, que deve se iniciar pelo projeto detalhado e documentação da sua aprovação pelos conselhos de ética e de outras permissões necessárias.
6. Determinar de forma isenta e ética os autores e a ordem de autoria, bem como a forma e o meio de divulgação, não deixando de antes apurar as expectativas de cada um dos indivíduos envolvidos em relação ao projeto e buscar a concordância de cada um em relação à ordem de autoria e forma e oportunidades de divulgação dos resultados.
7. Identificar potenciais conflitos de interesse e diligenciar para as suas soluções.
8. Elaborar e registrar o plano detalhado e o protocolo do projeto a ser executado, incluindo a análise dos resultados.
9. Garantir a qualificação ética de todo profissional envolvido no projeto.